Фамилия Шупякова — женская форма фамилии Шупяков, и её корень уходит в прозвище или диалектное слово. Основа «Шупяк» или «Шупяк» явно связана с глаголом «шупать» — ощупывать, трогать руками. В русских говорах «шупак» могло означать человека, который много трогает, проверяет на ощупь, или, в переносном смысле, дотошного, въедливого человека. Есть и другая версия: в некоторых регионах «шупяк» называли небольшой пучок, клок чего-либо (например, сена), что могло стать прозвищем для человека с неаккуратной прической или одеждой.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов/-ев добавлялся к основе на согласный, образуя притяжательное прилагательное. Шупяков — буквально «сын Шупяка». По суффиксу фамилия относится к разряду патронимических, то есть образованных от личного прозвища отца. В русской ономастике такие фамилии — самая массовая группа, и Шупякова здесь не исключение.

Географически фамилия редкая. По данным переписей и телефонных справочников, основное гнездо носителей — центральные и северные области России, особенно Вологодская и Архангельская губернии, где архаичные слова вроде «шупать» сохранились лучше. Встречаются единичные случаи в Сибири, куда фамилия попала с переселенцами в XIX веке.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шупаков, Шупиков, Шупаковский. У Шупякова суффикс -як (-як) придаёт основе уменьшительно-пренебрежительный оттенок, что характерно для прозвищ, а не для крестильных имён. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был, скорее всего, из крестьянской или посадской среды, где прозвища давали по поведению или внешности.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться через «е» — Шупяковъ, но в современном написании закрепилась форма с «у». Вариант с «ю» встречается редко и обычно связан с ошибками писцов.