Фамилия Шушеначев — одна из тех, где прозрачная на первый взгляд основа оказывается неоднозначной при детальном разборе. В ней отчетливо выделяется суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шушенача). А вот корень Шушенач- — главная загадка, и у этимологов есть два основных пути ее решения.

Первый и самый вероятный путь — тюркское происхождение. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) широко распространены имена и прозвища с основой «шуш» или «шош», означающей «тихий», «спокойный», а иногда и «пустой», «бессодержательный». Суффикс -ач в тюркских языках часто образует уменьшительно-ласкательные или характеризующие формы. Таким образом, Шушенач могло быть прозвищем тихого, молчаливого человека, либо, напротив, насмешливым именем для того, кто казался «пустым» или незначительным. В пользу этой версии говорит распространенность фамилий с похожей структурой (например, Шушлебин, Шушунов) в Поволжье и Приуралье, где исторически сильны тюркские влияния.

Второй путь — славянский, но более редкий. В русских говорах существует слово «шушать» — шептать, говорить тихо. От него могло образоваться прозвище Шушена (тот, кто шепчет, сплетник), а с помощью суффикса -ч (как в «ткач» от «ткать») — Шушенач, то есть «шептун». Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ач в русском языке обычно образует названия деятелей (циркач, скрипач), но для прозвищ он менее типичен, чем для тюркской модели.

В любом случае, фамилия Шушеначев указывает на прозвище родоначальника, которое дали ему по характерной черте поведения или внешности. Сословная принадлежность предков могла быть любой: от крестьян до служилых людей, но географически фамилия тяготеет к регионам с тюрко-славянским пограничьем — к южному Уралу, Оренбуржью или Татарстану. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия встречается редко, что говорит о её локальном, «гнездовом» характере.