Фамилия Шушеначева — наглядный пример того, как редкая словообразовательная модель может рассказать о происхождении больше, чем самый частотный корень. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ев- при основе, оканчивающейся на мягкий согласный -ч-. Это типичная патронимическая модель: фамилия образована от мужского прозвища или имени Шушенач (в форме родительного падежа: «чей?» — Шушеначев, отсюда женский вариант Шушеначева). Суффикс -ев- здесь закономерен, так как основа заканчивается на шипящий, а не на твёрдый согласный.

Корень шушен- — самый интересный. Скорее всего, он восходит к глаголу шушать или шушить, который в русских говорах означал «шептать», «нашептывать», а также «шуршать, издавать тихий звук». Прозвище Шушена или Шушеня могли дать человеку с тихой речью, шепелявому или тому, кто любил сплетничать — «шушукаться». В ономастике известна фамилия Шушенин (от той же основы, но с другим суффиксом), что подтверждает жизнеспособность этого корня в прозвищной традиции. Менее вероятна, но возможна связь с гидронимом Шушен (река в Хакасии) или с названием села Шушенское — в таком случае фамилия могла указывать на выходца из этих мест, но для этого требовалась бы форма на -ский (Шушенский). Поэтому прозвищная версия надёжнее.

Сама фамилия — относительно редкая. Её носители, вероятно, происходят из северных или центральных областей России, где диалектные глаголы «шушать», «шушить» были в ходу. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянской среде такие «говорящие» прозвища на -ач почти не встречались. Форма Шушеначев (мужской вариант) фиксируется в метрических книгах XIX века по Вятской и Костромской губерниям, что косвенно подтверждает севернорусский след.

Таким образом, фамилия Шушеначева буквально означает «потомок того, кого прозвали Шушенач» — человека, который тихо говорил или любил пошептаться. Это не громкая история, а бытовая, но именно такие фамилии точнее всего передают живую речь и обычаи предков.