Фамилия Шушиков образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («сын Шушика»). В основе лежит слово «шушик» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и Урале, называли чёрта, беса, нечистую силу. В диалектах зафиксировано: «шушиться» — значит таиться, прятаться, делать что-то исподтишка, а «шушик» — мелкий пакостник, домовой или леший. Прозвище Шушик могли дать человеку с неспокойным, озорным нравом, склонному к шалостям и проказам, — в народе таких нередко сравнивали с бесёнком, но без злого умысла, скорее с добродушной усмешкой.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с южнославянскими корнями. В болгарском и сербском языках «шуша» означает «шепот», «шёпот», а «шушика» — «шептунья». Если предок носителя фамилии был выходцем с Балкан или жил в пограничных районах, прозвище могло указывать на тихую, скрытную манеру речи или на занятие знахаря-шептуна.

Географически фамилия Шушиков тяготеет к центральным и северным регионам России. В переписных книгах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятской, Костромской и Вологодской губерниях. Именно там диалектное слово «шушик» было в ходу, что подтверждает первую, «бесовскую» версию происхождения. В дворянских родословных книгах фамилия не значится — носители Шушиковых, скорее всего, были из крестьян или мещан.

Интересная деталь: в отличие от фамилий с тем же корнем, но другим суффиксом — Шушин, Шушерин, Шушков — форма Шушиков встречается реже и почти всегда имеет именно прозвищное, а не топонимическое происхождение. Это делает её более ценной для генеалогического поиска: она прямо указывает на личное качество предка, а не на название места.