Фамилия Шушикова образована от мужской формы Шушиков по стандартной русской модели: к основе прибавляется суффикс -ов, а для женщин — окончание -а. Сама основа восходит к прозвищу или личному имени Шушик. В ономастике это слово чаще всего связывают с диалектным «шуша» или «шушик» — так в некоторых русских говорах называли мышь, крысу, а иногда и нечистую силу, мелкого домового или кикимору. Прозвище давали либо юркому, вертлявому человеку, либо тому, кто жил скрытно, «как мышь», либо — с оттенком иронии — тому, кто воровал по мелочи или тайком.

Есть и другая, более прозаичная версия: Шушик могло быть уменьшительной формой от канонического имени Александр или от редкого имени Шуша (возможно, от армянского или тюркского «шуша» — стекло, прозрачный камень, но это предположение слабо подкреплено для русской среды). Правдоподобнее, что прозвище бытовало в северных и центральных губерниях России, где слово «шуша» в значении «мышь» фиксируется диалектологами. Следовательно, предок носителя фамилии мог получить прозвище за характер или повадки, а не за профессию.

Суффикс -ик в основе указывает на то, что прозвище было образовано с уменьшительно-ласкательным оттенком — Шушик, то есть «маленькая шуша» или «шуша-ребенок». Фамилии на -иков обычно принадлежали крестьянскому или мещанскому сословию: они фиксировались в переписных книгах с XVII–XVIII веков, когда закреплялись за семьями по отцу. Встречаемость фамилии Шушикова невысока, она сосредоточена в основном в центральных областях России, с отдельными очагами в Поволжье и на Урале — там, где переселенцы из северных губерний сохраняли старые говоры.

Интересная деталь: в некоторых регионах «шушиком» называли не только мышь, но и человека с неопрятной, взлохмаченной головой — от слова «шушать» (шевелить, ерошить). Если принять эту версию, фамилия могла описывать внешность, а не характер. Спор между «мышиным» и «лохматым» значением не разрешен окончательно, но оба ведут к бытовому, неофициальному прозвищу, которое стало родовым именем.