Фамилия Шушубаева — редкий пример, где географический разрез важнее привычного морфологического. Она почти наверняка казахская или киргизская по происхождению, а не русская, и её структура указывает на патроним (фамилию по отцу) с тюркским корнем.

Ключ к пониманию — суффикс -ева, который в русской традиции закрепился за женской формой, но в основе фамилии лежит мужская: Шушубаев. Основа «Шушубай» распадается на два компонента: «Шушу» и «бай». В тюркских языках «бай» — это «господин», «богач», «хозяин», распространённый элемент имён (например, Баймурат, Байжан). А «Шушу» — скорее всего, прозвище или уменьшительная форма личного имени. В казахском языке «шушу» может означать «шептать», «шушукаться», но вряд ли предка прозвали «шептуном» напрямую. Реалистичнее версия, что «Шушу» — это диалектное или детское имя, либо сокращение от более длинного имени вроде Шушубай (буквально «господин Шушу»).

Фамилия Шушубаева бытует почти исключительно в Казахстане и среди казахов в приграничных регионах России (Астраханская, Оренбургская области). В русских переписных книгах XVII–XIX веков она не встречается — это говорит о том, что фамилия оформилась поздно, в советское время, когда у казахов массово фиксировали фамилии по отцу. Поэтому у неё нет сословной истории (дворянство, купечество) в классическом понимании: предки Шушубаевых были скотоводами, кочевниками или крестьянами.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шушунов (русская, от прозвища «шушун» — род одежды) и Шушубаев — они звучат похоже, но корни разные. Шушубаев — чисто тюркский патроним, где суффикс -ев лишь русифицировал окончание. Если искать параллели в русском языке, то это случай вроде фамилии Бабаев: тюркская основа плюс русский фамильный суффикс.

Единственная ономастическая трудность — не спутать с фамилией Шушубаевы, где ударение может падать на второй слог (Шушу́баев) или на последний (Шушуба́ев). Второй вариант, с ударением на «а», более типичен для казахского произношения, где долгий гласный в корне подчёркивает имя. Так что носительница фамилии Шушубаева, скорее всего, потомок человека по имени Шушубай — небогатого, но уважаемого в своём ауле.