Фамилия Шушуева в её современном виде — это женская форма, а мужская, Шушуев, образована по самой распространённой в русском языке модели: от основы прозвища или имени при помощи суффикса -ев. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Шушуев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Шушуй.

Основа фамилии — слово «шушуй». В русских говорах у него несколько значений, и все они рисуют портрет предка. В словаре Владимира Даля «шушуй» — это прозвище для того, кто шушукается, шепчется, ведет тайные разговоры. Так могли назвать скрытного, недоверчивого человека или, наоборот, сплетника, который любит переносить слухи. Второе, не менее яркое значение — «шушун», старинная женская одежда вроде кофты или телогрейки. Если прозвище дали по этому слову, то, скорее всего, речь о портном, который шил такую одежду, или о человеке, который её постоянно носил, — возможно, из-за привычки кутаться.

Есть и третья, более редкая версия, связанная с диалектным глаголом «шушукать» — шуметь, возиться, производить сухой шорох. В этом случае прозвище могло закрепиться за беспокойным, суетливым человеком. Какой из вариантов верен для конкретной семьи, без генеалогического исследования не скажешь, но ономасты обычно склоняются к первому — прозвищу по характеру. Слово «шушуй» в значении «шептун» встречается в центральных и северных русских говорах, что и даёт географическую привязку: фамилия Шушуевых скорее всего возникла на территории Владимирской, Костромской, Ярославской или Вологодской губерний.

С точки зрения словообразования фамилия Шушуева стоит в ряду однокоренных: Шушунов, Шушурин, Шушлебин. Все они образованы от одного корня «шуш-», связанного с шепотом, шумом или шипением. В отличие от фамилий на -ин (Шушунин), модель на -ев здесь указывает на основу, заканчивающуюся на мягкий согласный или й, что и произошло: Шушуй — Шушуев.

Никаких документальных свидетельств о дворянском происхождении Шушуевых нет. Скорее всего, это крестьянская или посадская фамилия: прозвище давали в быту, а в документах оно закрепилось в XVI–XVII веках, когда фамилии стали массово фиксироваться у податных сословий.