Фамилия Шишуева — женская форма фамилии Шишуев, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. Форма на -ева здесь нестандартна. В русской ономастике фамилии на -ев обычно происходят от основ на мягкий согласный или на «й»: «Иванов» — от Ивана, но «Андреев» — от Андрея. Основа Шиш- твёрдая, и по правилам следовало бы ждать фамилию Шишов. Вместо этого мы видим Шишуев, что указывает на исходное прозвище Шишуй — с суффиксом -уй, который в северных и сибирских говорах придавал слову оттенок фамильярности или пренебрежения. Это сразу локализует фамилию: её корни, скорее всего, на Русском Севере, в Вологодской или Архангельской губерниях.

В основе лежит слово «шиш» — многозначное в древнерусском. Первое значение — «острый предмет», «кол», «шип». Отсюда прозвище Шиш мог получить человек с острым умом, колкий на язык, либо, напротив, невысокий и худощавый — как шиш (кукиш) в кулаке. Второе, не менее важное значение — «бродяга», «вор», «разбойник», зафиксированное в новгородских говорах. Шишуй — это, по сути, тот же «шиш», но с уменьшительно-пренебрежительным оттенком: «шишкарь», «мелкий воришка» или «озорник». В новгородских берестяных грамотах встречается имя Шишко, что подтверждает древность такого прозвища.

Мужская фамилия Шишуев образована по притяжательной модели: «чей?» — «Шишуев сын», то есть сын Шишуя. Фамилия редкая, её нет в массовых списках дворянских родов, что говорит о крестьянском или посадском происхождении. В XIX веке носители фамилии фиксируются преимущественно в Вятской и Пермской губерниях — регионах, куда переселялись северяне. Здесь прозвище Шишуй уже не помнили как оскорбительное, оно стало фамильным знаком.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шишуй» означало также «непоседу» или «ерша» — человека, который постоянно суетится, не сидит на месте. Если предок был таким, то фамилия закрепила за ним характер, а не внешность или занятие. В любом случае, Шишуева — фамилия не от имени, а от прозвища, и её носители с большой вероятностью происходят из среды вольных крестьян-северян, которые не знали крепостного права и имели собственные, часто ироничные, фамильные традиции.