Фамилия Шишунов — яркий пример того, как прозвище, данное человеку за манеру речи, закрепилось в роду и превратилось в наследственное имя. В её основе лежит диалектный глагол «шишунить» — говорить шёпотом, шептаться, а также «шишун» — тот, кто шепчет, сплетник или невнятно бормочущий человек. В некоторых говорах «шишуном» называли ещё и ворчливого, недовольного старика. Слово образовано от звукоподражательного «ши-ши», имитирующего тихую речь, и родственно «шипеть», «шептать».

Модель образования проста и типична для русских фамилий: к основе «Шишун» добавили притяжательный суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Шишунов — сын Шишуна, то есть потомок человека с таким прозвищем. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шишу́нов, хотя в разговорной речи встречается и вариант Ши́шунов.

Географически фамилия редкая, но с заметным скоплением на северо-западе и в центральной России — в Псковской, Новгородской, Тверской областях, а также на Урале, куда переселенцы принесли её в XVII–XVIII веках. Встречается и у донских казаков, что указывает на возможное независимое возникновение в разных регионах.

Стоит отличать Шишуновых от однокоренной фамилии Шишков, основа которой — «шишка» (в значении «важный человек» или болезнь). Шишунов же происходит от глагола, описывающего поведение, а не социальный статус или физический недостаток. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить крестьян и посадских людей с именем Шишун — прозвище было распространённым в среде простого населения, где меткие характеристики закреплялись за человеком на всю жизнь.

Таким образом, предок современных Шишуновых был, вероятно, человеком негромким, любившим пошептаться с соседями, или тем, кого в деревне считали ворчуном. Фамилия не несёт дворянского оттенка и относится к массовому пласту русских родовых имён, образованных от бытовых прозвищ.