Фамилия Шишкунов образована от прозвища Шишкун. Оно ведет свое начало от нарицательного «шишка». Возможно, такое прозвище получил человек, занимающий высокий государственный пост, вельможа. Соответственно, прозвище Шишкун указывало как на социальное положение, так и на род занятий основателя фамилии. Согласно другой гипотезе, прозвище Шишкун дали человеку, который занимался собиранием шишек. Как известно, шишки некоторых растений используются в лекарственных целях, поэтому предок мог быть и лекарем. Не исключено, что в основу прозвища легло слово «шишка» в значении «нарост на теле». В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого мальчика, родители назвали его Шишкуном. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишкун, со временем получил фамилию Шишкунов.