Фамилия Шишкурова — женская форма мужской фамилии Шишкуров. В русской традиции такие фамилии образовывались от отчества отца: если мужчина Шишкуров, то его жена, дочь или вдова — Шишкурова. Поэтому, чтобы понять корень, нужно разобрать исходную мужскую форму.

Фамилия Шишкуров принадлежит к распространённому типу на -ов. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шишкура. Слово «шишка» в русских говорах имело множество значений: от лесного орешка до нароста на дереве и, в переносном смысле, важного, «шишковатого» человека. Суффикс -ур- в данном случае — редкий и выразительный. В ономастике он часто указывает на носителя признака: подобно тому, как «коза» превращается в «козура» (крупная коза), «шишка» могла дать прозвище «Шишкура» — человек с заметной шишкой, выпуклостью, либо же человек крепкий, плотный, «шишковатый» телом.

Вторая, не менее правдоподобная версия, отсылает к диалектному слову «шишкура» — так в некоторых регионах называли кустарник или заросли, а также нечто шершавое, колючее. Прозвище могли дать человеку с жёсткими, торчащими волосами или нелюдимому, «колючему» по характеру. География фамилии тяготеет к центральным и северным областям России, где слово «шишка» и его производные были особенно употребительны.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шишкуров — «мирская» фамилия, возникшая из прозвища в крестьянской или посадской среде. Это значит, что предок носителя фамилии не был связан с духовенством или высшими сословиями, а получил прозвание от окружающих за внешность, характер или особенность речи. Сравните с однокоренными фамилиями: Шишкин (от «шишка» как нарост), Шишков (от «шишок» — разбойник или острый предмет) — все они из одного гнезда, но Шишкуров выделяется именно суффиксом, который делает прозвище более конкретным и «осязаемым».