Фамилия Шишков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Шишко могло иметь различные значения. Например, указывало на род занятий (собирание шишек) или физические особенности (наросты на теле). Не исключена также возможность происхождения украинской фамилии Шишко от основы sys, что в переводе с крымско-татарского означает «опухоль». Тем не менее, более правдоподобной представляется первая гипотеза. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишко, со временем получил фамилию Шишков. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.