Фамилия Шишковский образована от прозвища Шишка. Возможно, такое прозвище получил человек, занимающий высокий государственный пост, вельможа. В таком случае, прозвище Шишка указывало на социальное положение и род занятий основателя фамилии. Возможно также, что это прозвище дали человеку, который занимался собиранием шишек. Как известно, шишки некоторых растений используются в лекарственных целях, поэтому предок мог быть и лекарем. Не исключено, что в основу прозвища легло слово «шишка» в значении «нарост на теле». В данном случае, надеясь иметь здорового и красивого мальчика, родители назвали его Шишкой. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишка, со временем получил фамилию Шишковский.