Прозвище Шишка указывает не только на род занятий (собирание шишек) или физические недостатки (наросты на теле). Возможно также происхождение от нецерковного имени Шишка, часто встречающегося от конца XVI века. Не исключена также возможность происхождения русской фамилии Шишкова от единой основы sys, что в переводе с крымско-татарского означает 'опухоль'. Восточное происхождение фамилии Шишковаых подтверждается и характером их фамильного герба, основными элементами которого являются два полумесяца, между которыми изображен меч острием вниз с переломленным эфесом. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишка, со временем получил фамилию Шишковаа. Известно, что многие потомки этого рода служили Российскому престолу стольниками, стряпчими и в других чинах, за что и были пожалованы поместьями. Древние родословные Шишковых сохранились в Государственном Родословце, датируемом около 1550 года. Согласно историческим документам, в дни Великого Князя Павла Михайловича Тверского из Польши выехал в Тверь Юрий Лазинич, у которого было два правнука: Иван Борозда и Микула. От Ивана Борозды повелись Бороздины, а от Микулы – Шишковы. Потомок Микулы – Яков Иванович был воеводой в пяти городах.