Прозвище Шишко могло иметь различные значения. Например, указывало на род занятий (собирание шишек) или физические особенности (наросты на теле). Не исключена также возможность происхождения украинской фамилии Шишко от основы sys, что в переводе с крымско-татарского означает «опухоль». Тем не менее, более правдоподобной представляется первая гипотеза. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишко, со временем получил фамилию Шишков.