Фамилия Шишковичева — редкий пример сложной словообразовательной цепочки, где к основе последовательно добавились три суффикса. В ней отчётливо видна модель: корень Шишк- → суффикс -ович- (указание на отчество или принадлежность к роду) → суффикс -ев- (притяжательный, «чей?») → окончание -а (женский род). Мужской вариант, от которого образована эта форма, — Шишковичев. Фамилия стоит в ряду таких же «тройных» образований, как Петровичев, Ивановичев, Степановичев, которые в XIX веке фиксировались преимущественно в крестьянской среде центральных губерний России.

Основа Шишк- восходит к слову «шишка». В древнерусском языке это слово имело не только ботаническое значение, но и служило прозвищем для человека небольшого роста, коренастого, либо для того, кто занимал видное положение — «шишка» в значении «важное лицо, заправила». Второе значение закрепилось в народной речи и даже в поговорке: «шишка на ровном месте». Таким образом, прозвище Шишка могло быть как нейтрально-описательным (по внешности), так и ироничным (по амбициям или должности).

Суффикс -ович- в фамилиях обычно указывает на отчество: Шишкович — буквально «сын Шишки». Затем к этому отчеству добавили ещё один патронимический суффикс -ев-, что типично для фамилий, которые оформлялись в документах позже, уже после закрепления отчеств. То есть Шишковичев — это «внук Шишки» или «сын Шишковича». Такая избыточная патронимичность встречается в фамилиях, которые возникли не от прямого прозвища отца, а от уже существовавшего в роду отчества.

Географически фамилия Шишковичева тяготеет к южнорусским и, возможно, украинским говорам. В русском языке суффикс -ович- в чистом виде (без стяжения в -ич) чаще встречается в западных и южных регионах, а также в Белоруссии. Однако окончание -ев- (а не -ов-) после мягкой основы Шишкович — стандартная русская орфография, без региональной окраски.

Другие однокоренные фамилии — Шишкин, Шишков, Шишко, Шишаков — образованы проще и распространены шире. Шишковичева же выделяется своей громоздкостью: такие «длинные» фамилии нередко давали семьям, где было несколько поколений с одинаковыми именами или прозвищами, и требовалось точнее идентифицировать ветвь рода. В переписях XIX века подобные фамилии могли записывать через дефис или с уточнением в скобках, но в итоге закрепился слитный вариант.

Сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известному сословию по этой фамилии нет. Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами, а сама фамилия — результат канцелярской фиксации прозвища в несколько этапов.