Фамилия Шишкунова образована от прозвища Шишкун. Оно ведет свое начало от нарицательного «шишка». соответственно, прозвище Шишкун могли дать человеку, который занимался собиранием шишек. Как известно, шишки некоторых растений используются в лекарственных целях, поэтому предок мог быть и лекарем. не менее вероятно, что такое прозвище получил очень активный ребенок, егоза, который часто ушибался, набивал себе шишки. Не исключено, что в основу прозвища легло слово «шишка» в значении «нарост на теле». Так, прозвище Шишкун могло указывать на особенности внешности предка. В новгородских и тамбовских говорах шишкуном называли медлительного, нерасторопного человека. Таким образом именование Шишкун могло указывать на особенности характера и поведения основателя рода Шишкуновых. Следует отметить также, что на Руси существовало языческое имя Шишка, которое связано со словом «шиш» - «черт», «леший». Возможно именование Шишкун также является нехристианским именем. В таком случае, вероятно, имя Шишкун выполняло охранительную функцию. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишкун, со временем получил фамилию Шишкунова.