Фамилия Шишанов образована от мирского имени Шишан. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишанов от прозвища Шишан, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишан, со временем получил фамилию Шишанов.