Фамилия Шишанин образована от прозвища Шишаня. Оно, предположительно, берет начало от глагола «шишать» со значением «копаться, возиться, мешкать». Вероятно, именование Шишаня отражает особенности характера его обладателя. Так могли назвать медлительного человека. Возможно также, что фамилия Шишанин происходит от имени Шишаня, которое восходит к нарицательному «шиш» или «шишага». Так в русских говорах обозначали беса, черта, нечистую силу. В данном случае, надеясь иметь красивого и здорового мальчика, родители назвали его Шишаней. Так и прозвище Шишаня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шишанин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишаня, со временем получил фамилию Шишанин.