По одной из версий, оно ведет свое начало от нарицательного «шиша», которое в пермских говорах имело значение «бедный люд». Вероятно, прозвище Шиша отражало социальное и материальное положение основателя фамилии (небогатый человек). В таком случае прозвище Шиша содержало указание либо на особенности места жительства предка (на возвышенности), либо на род его деятельности (крестьянин-земледелец или сенокосец). Соответственно, Шишей могли прозвать медлительного, нерасторопного человека.