Фамилия Шишаев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Шишаев послужило мирское имя Шишай. Фамилия Шишаев образована от нецерковного имени Шиша или Шишай. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишаев от прозвища Шишай, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишай, со временем получил фамилию Шишаев. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишаев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишаев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.