Основой фамилии Шишаева послужило мирское имя Шишай. Фамилия Шишаева образована от мирского имени Шиша или Шишуй. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишаева от прозвища Шишай, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишай, со временем получил фамилию Шишаева.