Основой фамилии Шишаев послужило мирское имя Шишай. Фамилия Шишаев образована от нецерковного имени Шиша или Шишай. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишаев от прозвища Шишай, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишай, со временем получил фамилию Шишаев.