Фамилия Шишаков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Шишак образовано от аналогичного нарицательного. Шишаком в старину называли шлем, каску с гребнем или с хвостом. В переводе же с украинского «шишак» означает «шишка, опухоль, нарост». Таким образом, прозвище Шишак может относиться к профессиональным именованиям и указывать на род занятий предка (он мог изготавливать шишаки) или свидетельствовать о внешних особенностях предка (он мог иметь шишку на теле). Также возможно, что прозвище Шишак образовано от глагола «шишать», что значит «копаться, возиться, мешкать, лениво или неловко делать что-либо». В этом случае Шишаком могли прозвать медлительного человека. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишак, со временем получил фамилию Шишаков. О точном месте и времени возникновения фамилии Шишаков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Шишаков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.