Фамилия Шишакина — женская форма фамилии Шишакин. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Шишака. Вопрос в том, что это за прозвище.

Самая прямая версия отсылает к слову «шишак» — старинный металлический шлем с остриём. Прозвище Шишак могли дать воину, который носил такой шлем, либо мастеру, который их ковал. Но есть и другая, более бытовая линия. В диалектах «шишаком» называли заострённый предмет, верхушку, а также — человека с острой головой или торчащими волосами. В переносном смысле слово могло означать задиру, забияку (ср. «шишка» — важное лицо, но с другим оттенком).

Словообразовательная модель типична для северных и центральных русских говоров: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей сын?» — Шишакин, то есть сын Шишаки. Сама основа Шишака — это форма с уменьшительно-уничижительным суффиксом -к(а), характерным для прозвищ. То есть фамилия образована не напрямую от «шишак», а от прозвища Шишака, которое звучало более фамильярно, чем просто Шишак.

Интересно, что фамилия Шишакин встречается в основном в Поволжье и на Урале. В архивных записях XVIII–XIX веков попадаются крестьяне и мещане с этой фамилией, что указывает на её непривилегированное происхождение. В отличие от дворянских фамилий на -ский, Шишакины — потомки людей, получивших уличное или профессиональное прозвище.

Есть и редкая, но возможная версия: от тюркского имени или прозвища, где корень «шиш» означает «опухоль», «нарост». В русско-тюркском пограничье такие прозвища давали по внешнему признаку. Однако для фамилии Шишакина эта гипотеза слабее — слишком хорошо ложится славянская семантика «шишака» и «шишки».