Фамилия Шишагина — женская форма мужской фамилии Шишагин. В основе лежит прозвище Шишага. Оно образовано от слова «шиш» в одном из его старых значений. В русских говорах «шишом» называли не только острый предмет, но и мелкого беса, чертёнка, а также бродягу или вора. Прозвище Шишага могли дать человеку юркому, неспокойному, склонному к проказам или нечестному промыслу. В ономастике это типичный случай «оборонительного» или «бытового» имени: родители могли назвать ребёнка Шишагой, чтобы отвести от него злых духов, — считалось, что нечистая сила не тронет того, кто уже носит её имя.

Модель образования фамилии — суффикс -ин, который в русских фамилиях указывал на принадлежность кому-то: Шишагин буквально означал «сын Шишаги» или «человек из семьи Шишаги». Это одна из самых распространённых моделей в северной и центральной России. Фамилия Шишагин встречается в документах с XVII века, особенно в Вятской, Пермской и Архангельской губерниях, где были сильны традиции нецерковных имён. В словаре Веселовского упоминается крестьянин Шишага из Устюжского уезда, что подтверждает северное происхождение прозвища.

Интересно, что фамилия Шишагин не связана с «шишкой» в значении важного человека. Это народное поверье возникло позже, а в старину «шишка» означала нарост или удар, и прозвище Шишка тоже бытовало, но отдельно. Шишага — другая словообразовательная ветвь, с уменьшительно-уничижительным суффиксом -аг(а), как в прозвищах Бродяга, Вертяга. Такие фамилии редки и хорошо сохраняют архаичный пласт русской лексики.

В современной России фамилия Шишагина нечастотна, но её носительницы живут в основном в Поволжье и на Урале. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они были крестьянами или посадскими людьми из северных или вятских земель, а родоначальник получил прозвище за свой живой, возможно, озорной нрав.