Фамилия Шишановская — пример относительно позднего дворянского или польско-шляхетского образования, что заметно по суффиксу -ск-. Такие фамилии в России и Речи Посполитой давали по названию родового поместья или местности, откуда человек был родом. Основа «Шишан» — это, скорее всего, прозвище или имя, а не топоним. В старину «шишаном» могли называть человека с заметной внешностью (от «шишка» — выпуклость, нарост) либо того, кто «шишится» — суетится, тайно промышляет. Вторая версия связывает прозвище с диалектным «шиш» — вор, бродяга или мелкий бес, но для фамилии на -ский такое маловероятно: шляхтичи не брали фамилии от прозвищ с криминальным оттенком.

Скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта вроде Шишаново или Шишаны. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России. Тогда предок Шишановской — помещик или служилый человек, владевший землёй в том месте, или выходец оттуда, получивший фамилию при переезде. Окончание -ая указывает на женскую форму, но в русской традиции XIX века так записывали и мужчин, если фамилия была в форме прилагательного. В польском варианте звучала бы как Szyszanowska.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шишанов, Шишкин, Шишаев — показывает разницу. Шишановский стоит в ряду тех, что подчёркивают не просто прозвище, а связь с местом. Географически фамилия редкая, встречается в основном у потомков польской шляхты и малороссийской старшины, переселившихся в центральные губернии после разделов Польши. Сословие — почти наверняка дворянское, хотя в XIX веке фамилию могли получить и дети священников, окончившие семинарию (семинарские фамилии нередко образовывали от названий сёл). Но для Шишановской более правдоподобна версия с поместьем: суффикс -ск- в русской среде у крестьян почти не встречался.