Фамилия Шишуев — нечастая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: в её основе лежит прозвище или некалендарное имя Шишуй. Такие имена на Руси нередко давали по внешности, повадкам или по звукоподражанию — например, человеку, который шушукается, говорит шепотом, «шишикает». Глагол «шишукать» в некоторых говорах означал «шептать», «наушничать», а «шиш» — нечистая сила, бес, но в прозвищах это слово часто теряло мистический оттенок и обозначало просто озорного, вертлявого или невысокого человека. Таким образом, Шишуем могли прозвать либо шептуна, сплетника, либо, напротив, бойкого и юркого малого.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей сын?» — Шишуев), то есть потомок Шишуя. Это типичная патронимическая фамилия, каких большинство в русском ономастиконе. Суффикс -ев, а не -ов, стоит после мягкого согласного или шипящего, что здесь и происходит.

В словарях фамилия Шишуев не зафиксирована у известных дворянских родов, и в исторических документах XVII–XVIII веков она встречается редко, что говорит о её крестьянском или посадском происхождении. Встречаются варианты написания — Шишуев, реже Шишуёв (с ударением на последний слог, что более свойственно южнорусским говорам). Географически фамилия тяготеет к центральным и поволжским областям России, но из-за редкости чёткой привязки к одному уезду нет.

Не стоит путать фамилию Шишуев с более известной Шишков (от «шишка») или Шишов (от «шиш» — острие, а также разбойник). Здесь корень именно «шиш-» с суффиксальным расширением -уй, что делает фамилию уникальной по звучанию. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, родоначальник был человеком заметным в своей среде — не обязательно богатым, но с яркой речевой или поведенческой чертой, за которую и закрепилось прозвище.