Фамилия Шишулькин — редкий пример, когда прозвище дали не за внешность или характер, а за манеру речи. Её основа — глагол «шишулить» или однокоренное «шишлять», что в русских говорах означало «шептаться», «нашёптывать», «говорить тихо, тайком». Человека, который любил судачить или перешёптываться, в быту и прозвали Шишуля. Суффикс «-кин» типичен для северных и центральных областей России: он указывает на принадлежность к роду — «чей сын?» — Шишулькин, то есть потомок Шишули.

Словообразовательная модель здесь прозрачная: от глагольной основы «шишул-» (с характерным повторяющимся звукоподражательным корнем, как «шушукаться» или «шипеть») добавили суффикс прозвища «-я», а затем фамильный суффикс «-кин». В отличие от более частых фамилий на «-ов», «-кин» в этом случае не от имени, а от прозвища, что встречается реже. Сравните с фамилиями Шишкин (от «шишка»), Шишков (от «шиш» — нищий или шишка) — здесь корень другой, без оттенка шёпота. Шишулькин стоит особняком именно из-за звуковой окраски.

Встречается фамилия крайне редко. По данным переписей и архивов, основные очаги — Псковская и Тверская области, где диалектное слово «шишулить» фиксировали ещё в XIX веке. Выходит, что предки носителя этой фамилии жили на северо-западе России и, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвища такого типа редко давали дворянам.

Есть и вторая, менее правдоподобная версия: от слова «шиш» в значении «плут», «проныра» (в некоторых говорах «шиш» — мелкий бес или вор). Тогда Шишуля — уменьшительное от «шиш», то есть «маленький плутишка». Но глагольное происхождение надёжнее: в говорах «шишулить» встречается чаще, чем уменьшительная форма от «шиш». Так что, скорее всего, ваш предок не был ни бесом, ни вором, а просто любил пошептаться.