Основой фамилии Шишулин послужило мирское имя Шишуля. Фамилия Шишулин образована от мирского имени Шишуля. Считалось, что нечистая сила не пристанет к человеку, который носит одинаковое с ней имя. Не следует также исключать возможность происхождения фамилии Шишулин от прозвища Шишуля, восходящего к диалектному глаголу «шишать», то есть «копаться, мешкать, лениво, неловко делать что-то». Следовательно, такое прозвище мог получить нерасторопный, медлительный человек. Одно из первых упоминаний этой фамилии в исторических источниках относится к середине XVI века: в «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записана Шишулина Некраса, холопка, 1565 г., Суздаль. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шишуля, со временем получил фамилию Шишулин.