Фамилия Шишуркин образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: от прозвища или мирского имени через суффикс принадлежности -ин. Суффикс -ин указывал на то, что человек — «сын такого-то» или «из семьи такого-то». В основе фамилии лежит слово «шишурка» — так в некоторых русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, называли небольшую шишку, нарост или вообще что-то маленькое, невзрачное, торчащее. Прозвище Шишурка могли дать человеку невысокого роста, коренастому, с какой-то заметной особенностью во внешности (например, с шишкой на голове или на теле), либо, в переносном смысле, — неуживчивому, «колючему» по характеру.

Вторая, менее очевидная версия, связывает основу с диалектным глаголом «шишурить» — шептаться, сплетничать, ссориться. В этом случае Шишуркой прозвали бы болтуна или ябеду. Однако такое значение встречается реже, и фамилии от подобных глаголов обычно образуются с суффиксом -ов (Шишуров), а -ин чаще прикрепляется к именам и прозвищам на -а/-я. Поэтому версия с шишкой или наростом выглядит первичной.

Фамилия не относится к числу дворянских и старинных родовых. Шишуркины — это, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей. Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России: встречается в архивах Вятской, Костромской, Нижегородской губерний. Встречаются варианты написания с одной «ш» — Шишуркин (через «и» после первой «ш»), что связано с местным аканьем или просто описками в метрических книгах.

Примечательно, что у фамилии есть «родственники» с тем же корнем: Шишуров, Шишур, Шишурин. Но Шишуркин выделяется именно суффиксом -к- в основе (Шишурка), который придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок. Это типично для крестьянской среды, где прозвища были конкретными и бытовыми, без претензии на благородство.