Фамилия Шишуркина — женская форма фамилии Шишуркин, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, так как именно он хранит историю прозвища. В основе фамилии лежит прозвище Шишурка. Это слово — уменьшительно-ласкательная форма от «шиш» или «шишка», но с характерным суффиксом -урк-, который в русских говорах придаёт оттенок фамильярности или пренебрежения. Если «шишка» — это важный человек, то «шишурка» могла означать человека незначительного, мелкого, «шиша» — в переносном смысле «ничто» или «бес» (в диалектах «шиш» — чертёнок, нечистая сила). Таким образом, Шишуркой могли прозвать либо маленького ростом человека, либо того, кто казался окружающим назойливым, суетливым, но несерьёзным.

Суффикс -ин в фамилии (Шишурк-ин) указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шишурки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от более распространённых фамилий на -ов, вариант на -ин встречается реже, но именно он подчёркивает, что прозвище было обиходным, «домашним».

Географически фамилия Шишуркин тяготеет к центральным и южным регионам России. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — вероятно, в одной или нескольких соседних деревнях прозвище закрепилось за конкретным родом. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные производные от «шиш» описаны как прозвища, связанные с внешностью или характером, но именно форма с -урк- — редкая деталь, отличающая Шишуркиных от более частых Шишкиных или Шишовых.

Если у вас есть основания считать, что предки были из духовного сословия, стоит проверить вариант Шишуркинский — такие фамилии на -ский давали в семинариях, но для Шишуркина это маловероятно: слишком «простонародная» основа, без книжного налёта. Скорее всего, первые носители фамилии — крестьяне или ремесленники, получившие прозвище от односельчан за какую-то заметную черту: низкий рост, юркость или, наоборот, угрюмость, которую в народе связывали с «шишом».