Фамилия Шишкнов — на первый взгляд редкая, и её написание сразу цепляет глаз. В ней слышится что-то от «шишки», но на деле разбор показывает неожиданный поворот.

Основа здесь — не «шишк-», а «шишкн-». Фамилия образована по стандартной модели с суффиксом -ов, то есть исходным было прозвище или мирское имя Шишкно. Суффикс -н- в прозвищах часто указывал на признак: Шишкно — это человек с заметной шишкой, с выпуклостью на теле или, в переносном смысле, «шишка» как важная персона. Но есть и вторая, более конкретная версия: в южнорусских говорах «шишкно» — это стержень початка кукурузы, то, что остаётся после обмолота зерна. Прозвище могли дать сухощавому, жилистому человеку или тому, кто занимался обработкой кукурузы.

Географически фамилия тяготеет к югу России, особенно к Курской, Воронежской и Белгородской областям — зонам, где кукуруза была традиционной культурой. Там же встречаются родственные фамилии Шишков, Шишканов, но Шишкнов стоит особняком: её форма с «кн» встречается реже, что делает её более локальной и специфичной. Если Шишков — это почти всегда «сын Шишка», то Шишкнов — «сын Шишкна», то есть прозвище успело обрасти дополнительным суффиксом до того, как закрепилось в фамилии.

Сословно носители Шишкновых — скорее всего, крестьяне или однодворцы (государственные крестьяне южных окраин), так как фамилия не встречается в дворянских родословных книгах. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия фиксируется с XVIII века, но массовой не стала — её носители, вероятно, были жителями одного-двух сёл, откуда фамилия и распространилась.

Таким образом, Шишкнов — не про лесные шишки, а про кукурузные початки или телесную особенность, и её редкость говорит о том, что предки жили компактно, на юге России, занимались земледелием и передали потомкам прозвище, которое не потерялось в массе более распространённых вариантов.