Фамилия Шушугина — женская форма русской фамилии Шушугин. В основе лежит прозвище Шушуга, которое, скорее всего, связано с диалектным глаголом «шушать» или «шушукать». В разных говорах это означало «шептать», «нашептывать», «сплетничать» или «говорить тихо, невнятно». Человек с таким прозвищем мог быть шептуном, сплетником или, наоборот, тихоней, который говорил едва слышно. Модель образования простая: к основе Шушуг- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей сын?» — «Шушугин»), то есть «сын Шушуги».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «шуш» (якобы «ровный» или «гладкий»). Однако для русских фамилий Поволжья и центральных областей, где Шушугины встречаются чаще, диалектная русская основа выглядит убедительнее. В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные модели (от прозвищ по поведению или речи) описаны как типичные для крестьянской среды.

Географически фамилия Шушугиных не привязана к одному региону, но заметна в Вятской и Пермской губерниях, а также в бывших владениях Строгановых. Там прозвища часто давали по характерным чертам или манере общения, и «шуша» могло закрепиться за неразговорчивым или, напротив, чрезмерно шепчущим человеком. Сословно — в основном крестьянство и мещанство, без дворянских корней.

Уникальность этой фамилии в том, что она избежала «оглушения» звонкого «г» в корне — в произношении нередко слышится «Шушукина», но на письме сохранилась историческая форма. Это говорит о поздней письменной фиксации, когда фамилию записали «как слышали», но с буквой «г» в слабой позиции.