Фамилия Шушугин — классический пример того, как русская фамилия образовалась от прозвища, а не от календарного имени. Её основа — «шушуга». В русских говорах, особенно на севере и в Сибири, так называли длинную верхнюю одежду, подобие кафтана или шубы из овчины. Слово «шушун» (или «шушуга») фиксируется в диалектах как «шугай» или «шушпан» — женская, реже мужская, стёганая одежда. Связь с одеждой — самая прямая и очевидная версия происхождения.

Менее распространённая, но возможная гипотеза отталкивается от глагола «шушукать» — шептаться, говорить по секрету. Прозвище Шушуга могли дать человеку тихому, скрытному или тому, кто любил перешёптываться. Однако в пользу первой версии говорит распространённость именно предметных прозвищ в крестьянской среде, где человека могли назвать по характерной детали быта или одежды.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шушугин — «сын Шушуги» или «человек из семьи Шушуги». Модель образования типична для северных и центральных регионов России, где патронимы на -ин так же частотны, как и на -ов. Географически фамилия встречается в Вологодской, Архангельской, Кировской областях и в Удмуртии — то есть там, где слово «шушун» было в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шушунов, Шушин) показывает, что все они происходят от одной диалектной основы, но различаются суффиксами и окончаниями, что естественно для устной традиции фиксации прозвищ. Фамилия Шушугин не относится к числу дворянских или купеческих — её носителями были, скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие фамилию по прозвищу отца или деда.