Фамилия Шушунин образована от прозвища Шушуня, которое, вероятно, восходит к русскому глаголу «шушукать» – «говорить шепотом, шептаться» или румынскому şuşui - «шуршать, шелестеть». Скорее всего, так прозвали того, кто имел тихий голос или любил секретничать. Исходя из этого, прозвище Шушуня мог получить человек, не любивший шум или тот, кому легко удавалось успокоить плачущих детей. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Шушуня связано с нарицательным «шушун» — так в старину в Костромской, Ярославской областях и в Сибири называли верхнюю женскую одежду, преимущественно короткую (вроде кофты, телогрейки) или длинную (вроде рубахи, сарафана). Поэтому не исключено, что прозвище Шушуня содержало указание на род занятий предка: например, он мог быть портным. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шушуня, со временем получил фамилию Шушунин.