Фамилия Шушунов образована от прозвища Шушун. Оно, в свою очередь, происходит от нарицательного «шушун» — так в старину в Костромской, Ярославской и Сибирской областях называли верхнюю женскую одежду, преимущественно короткую (вроде кофты, телогрейки) или длинную (вроде рубахи, сарафана). Скорее всего, прозвище Шушун содержало указание на род занятий предка: например, он мог быть портным. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шушун, со временем получил фамилию Шушунов.