Фамилия Шушунков образована от прозвища Шушун, а оно, в свою очередь, — от слова «шушун». В русских говорах, особенно в северных и сибирских, шушуном называли короткую женскую кофту, душегрею или даже сарафан из холста. Это слово тюркского происхождения, проникшее в русские диалекты довольно рано и крепко там закрепившееся. Прозвище Шушун могли дать портному, который шил такую одежду, или, что реже, человеку, который её постоянно носил. Фамилия закрепилась с типичным русским суффиксом -ов, указывающим на принадлежность: «чей?» — Шушунков, то есть сын или потомок Шушуна.

Интересно, что основа фамилии — слово «шушун» — не является общеупотребительным в литературном русском языке, а осталась в диалектах. Это сразу говорит о географической привязке. Основной ареал бытования фамилии — Архангельская, Вологодская, Кировская области и Пермский край. В этих местах «шушун» был предметом повседневного крестьянского быта. Поэтому предки Шушунковых, скорее всего, были не дворянами, а государственными или помещичьими крестьянами Русского Севера и Приуралья.

Встречается и другая, менее вероятная версия. В некоторых говорах «шушун» означало «неуклюжий, мешковатый человек» или даже «тихий, незаметный». Тогда прозвище носило бытовой, описательный характер. Однако связь с конкретным ремеслом (шитьё одежды) выглядит более убедительной, так как прозвища по профессии давали чаще и они лучше закреплялись в фамилиях.

Иногда фамилию путают с Шушкановым или Шушковым, но это разные корни. У Шушункова — чёткая связь с диалектным названием одежды, что делает фамилию «говорящей» для тех, кто знаком с историей костюма Русского Севера.