Фамилия Шушуникова — женская форма от Шушуников, и её разбор стоит начать с суффикса. Формант -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от прозвищ или мирских имён, отвечая на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Шушуника. Сама основа Шушуник — редкая, и её происхождение неочевидно.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Шушуня или Шушун. В русских говорах «шушун» — это старинная верхняя женская одежда вроде кофты или телогрейки, распространённая в северных и центральных губерниях. Прозвище Шушун могли дать либо портному, шившему такую одежду, либо человеку, который её постоянно носил, — например, за привычку кутаться. Уменьшительная форма Шушуник (Шушун + -ик) — типичный для северо-западных и новгородских земель способ образования прозвищ: суффикс -ик придавал оттенок «маленький» или «сын» (ср. Кузнец — Кузнечик, не в прямом смысле насекомого, а как уменьшительное). Таким образом, Шушуник — это либо «маленький Шушун», либо «сын Шушуна».

Есть и менее вероятная версия: от имени Шушуня как производного от Шуша — разговорной формы канонического имени Сусанна (в народной этимологии). Но прозвищная природа надёжнее, так как фамилия не встречается в дворянских родословных и явно крестьянского или посадского происхождения.

Географически фамилия Шушуниковы тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — именно там слово «шушун» было в ходу, а суффикс -ик в прозвищах встречается чаще, чем в южных регионах. В переписях XIX века носители фамилии числились среди государственных крестьян и мещан, занимались ремёслами и земледелием.

В написании стоит обратить внимание на двойное «н»: Шушуников, а не Шушунинов. Это не ошибка — суффикс -ик, а не -ин, что ещё раз подтверждает прозвищную основу: Шушуник, а не Шушуня. Если бы фамилия шла напрямую от имени Шушуня, она звучала бы как Шушунин.