Фамилия Шушанникова — женская форма фамилии Шушанников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Шушанник. Основа здесь — слово «шушан» или «шушанник», и его значение напрямую связано с диалектной лексикой северных и центральных областей России.

В архангельских, вятских и пермских говорах «шушан» — это старинная женская одежда, род короткой кофты или душегреи на лямках. Соответственно, «шушанником» могли прозвать портного, который шил такую одежду, или торговца, который ею торговал. В ономастике это типичная профессиональная фамилия по роду занятий предка, образованная по модели «ремесло + суффикс -ник (-ик)», а затем уже от прозвища — фамильный суффикс -ов/-ев.

Есть и менее очевидная, но тоже правдоподобная версия: в тех же говорах «шуша» — прозвище тихого, скрытного или ворчливого человека (сравните с «шушукаться»). Тогда Шушанник — это человек с таким характером, а фамилия указывает на его потомка. Обе версии не противоречат друг другу: прозвище могло закрепиться и за молчуном, и за портным, который работал с «шушаном».

Суффикс -ов в фамилии Шушанников — классический патронимический, указывающий на принадлежность: «чей?» — Шушанников, то есть сын Шушанника. Географически фамилия встречается преимущественно на Русском Севере и в Поволжье, что подтверждает связь с местной диалектной лексикой. В отличие, скажем, от фамилии Шушунов (от «шуша» — ворчун), Шушанникова имеет более конкретную профессиональную привязку, что делает первую версию чуть более вероятной.