Фамилия Шушуй — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Она не вписывается в распространённые модели на -ов, -ин или -ский, и это сразу подсказывает, что перед нами, скорее всего, не патроним (не «чей-то сын»), а застывшее прозвище или даже иноязычное заимствование.

Самая прямая версия отталкивается от диалектного глагола «шушать» или «шушукать» — то есть шептать, говорить тихо, сплетничать. В этом случае Шушуй — прозвище человека с тихой речью, шептуна или того, кто любит пошептаться. Форма на -уй типична для русских прозвищ, образованных от глагольной основы: вспомните фамилии Гуляй, Бурлюй, Дерзай. Такие прозвища часто давали за характерную привычку или поведение.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «шуш» (лёд, холод) или с каким-то местным названием. В тюркских языках суффикс -уй может образовывать имена, но в русской среде такое прозвище скорее всего получил бы человек с холодным нравом или живший в холодном краю. Однако убедительных параллелей в ономастических словарях нет, и эта гипотеза остаётся слабой.

Фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской губерниях. Там же фиксируются однокоренные варианты: Шушунов, Шушин, Шушков. Но Шушуй стоит особняком — без фамильного суффикса, что говорит о древности прозвища: его могли зафиксировать в переписях как есть, без переделки в «Шушуев» или «Шушуйкин».

В дореволюционных источниках фамилия не встречается среди дворянских родов. Носители Шушуй, судя по всему, были из крестьян или посадских людей. Прозвище давалось по бытовой примете, а не по профессии или имени предка, что делает эту фамилию живым свидетельством народной наблюдательности.