Фамилия Шутникова принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от прозвища или профессии с помощью суффикса -ов. В основе лежит слово «шутник» — человек, который любит шутить, балагурить, или же профессиональный шут, скоморох. В старину «шутниками» называли не только весельчаков, но и тех, кто развлекал публику на ярмарках, свадьбах и княжеских пирах. Прозвище могло закрепиться за человеком с живым, озорным характером, либо за тем, кто зарабатывал на жизнь шутовством. В отличие от фамилии Шутов, где корень более прямолинейно указывает на придворного шута, Шутников подчёркивает именно склонность к шуткам как черту личности.

Модель образования проста: к основе «шутник» добавился притяжательный суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность к роду. Первоначально Шутников — отчество: «чей сын?» — Шутников, то есть сын Шутника. Фамилия фиксируется в письменных источниках с XVII века, преимущественно в центральных и северных губерниях России. Например, в переписных книгах Новгородской земли встречаются крестьяне и посадские люди с таким прозвищем, что говорит о её бытовании среди разных сословий, а не только в дворянской среде.

Интересно, что фамилия Шутникова не имеет однозначной связи с именем Шут, которое в древнерусской традиции иногда давали как охранительное (чтобы отвести сглаз). Версия с охранительным именем маловероятна: «шутник» — более позднее и конкретное слово, чем просто «шут». Поэтому основное объяснение — прозвище по поведению или роду занятий, а не по магическому смыслу.

В современной России фамилия Шутникова встречается нечасто, но равномерно рассеяна по разным регионам, без ярко выраженного «гнезда». Это типичная «профессионально-характерологическая» фамилия, которая не потеряла своей прозрачности: даже сейчас носитель фамилии, услышав её, легко догадается о её корне. Никаких дополнительных версий от тюркских или финно-угорских языков не существует — это исконно русская фамилия, образованная от общеславянского слова «шутить».