Фамилия Шуяев на первый взгляд кажется простой, но её происхождение уводит нас в спорную зону между географическим названием и личным прозвищем. Основа — «Шуя» — с большой вероятностью указывает на топоним, а не на имя. В русской ономастике известен город Шуя в Ивановской области, а также несколько рек с таким названием, например, Шуя в Карелии. Слово «шуя» в древнерусском языке означало «левый» или «левша», но для фамилии эта версия менее вероятна: прозвище Шуя или Шуй давало бы форму Шуин или Шуйкин, а не Шуяев.

Скорее всего, Шуяев — это потомок человека, которого прозвали Шуяком или Шуяем. Такой суффикс -яй/-як часто образовывал прозвища от географических названий: «Шуяк» — выходец из города Шуи или с реки Шуи. Тогда Шуяев — это «сын Шуяка», то есть «шуйский переселенец». В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Шуяев встречается в основном в центральных и северных регионах России, где топоним Шуя был хорошо известен.

Менее распространённое, но возможное объяснение — через каноническое имя. В святцах есть имя Шуй (редкая форма от Иешуа или Иисуса), но оно почти не бытовало в народе. Поэтому версия с ремеслом или прозвищем выглядит убедительнее. Если предок был левшой, его могли назвать Шуей, но тогда фамилия звучала бы как Шуин, а не Шуяев. Суффикс -ев в данном случае присоединился к основе на -яй, что типично для русских фамилий (ср. Воробей — Воробьёв, Соловей — Соловьёв).

Таким образом, с большой долей уверенности можно сказать: Шуяев — это потомок человека, которого прозвали Шуяком или Шуяем по месту его прежнего жительства, скорее всего из города Шуя. Фамилия недворянская, крестьянская или мещанская, и её носители, вероятно, были вольными или помещичьими крестьянами, переселившимися в другие губернии. Встречается она нечасто, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваш предок носил эту фамилию, стоит искать корни в Ивановской, Костромской или смежных областях.