Фамилия Шуяева образована от прозвища или нецерковного имени Шуя. В русских говорах слово «шуя» означало «левша» (от древнерусского «шуй» — «левый»). Прозвище Шуя давали человеку, который лучше владел левой рукой, либо тому, кто всё делал не так, как принято, «шиворот-навыворот». В некоторых диалектах «шуя» имело и более конкретное значение — «нечистый, лукавый», что тоже могло стать основой для прозвища.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединялся к основе на -я (Шуя → Шуяев). Такая форма указывает на патроним — «сын Шуи». Фамилия относится к так называемым «полуотчествам», которые закрепились в крестьянской и мещанской среде в XVII–XIX веках. Ударение в фамилии падает на второй слог — Шуя́ев, хотя в разговорной речи встречается вариант Шу́яев.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Костромской, Нижегородской областях, а также в Поволжье. Интересно, что фамилия Шуяев не связана с городом Шуя Ивановской области: топонимическая версия маловероятна, так как для фамилий от названий городов более характерен суффикс -ский (Шуйский).

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Шуя почти вышло из употребления уже к XVIII веку, уступив место более понятному «Левша». Однофамильцы Шуяевых — Шуйцев, Шуляков, Шуйкин — все от того же корня «шуй», но с разными суффиксами. В современных справочниках фамилия фиксируется как редкая, преимущественно в сельской местности.