Фамилия Шуйбеков — яркий пример того, как русская модель фамилии на -ов наложилась на тюркское имя. Корень здесь не славянский, а восходит к мужскому личному имени Шуйбек, которое состоит из двух частей: «шуй» и «бек». Первый компонент, скорее всего, связан с тюркским словом «шуй» (вода, река) или же с диалектным вариантом имени Шуй, которое могло означать «левый» (в значении «левша» или «левый фланг»). Вторая часть — «бек» — распространенный тюркский титул, означающий «господин», «князь», «правитель». Таким образом, имя Шуйбек можно перевести как «водный князь», «левый бек» или «правитель с левой стороны». Фамилия образована по простой модели: к основе Шуйбек прибавили русский патронимический суффикс -ов, что буквально означает «сын Шуйбека».

Фамилия Шуйбеков — редкая. Её география бытования привязана к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские традиции: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Чаще всего носители встречаются среди татар, башкир, казахов и других народов, где имя Шуйбек (или его варианты) было в ходу. В русской среде фамилия могла появиться через крещёных татар или при переселении народов. Поскольку основа имени — титул «бек», предки Шуйбековых могли быть из служилого сословия, мелких князей или старшин, но не обязательно — в народной среде «бек» нередко становился просто частью имени, без прямой связи с властью.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила тюркский корень в почти нетронутом виде. В отличие от многих фамилий, где тюркское имя русифицировалось (например, Шувалов от «шу» + «вал»), Шуйбеков не утратил компонент «бек». Это указывает на относительно позднее оформление фамилии — скорее всего, в XIX веке, когда фиксация фамилий у тюркских народов Российской империи стала массовой. Ударение, по аналогии с подобными фамилиями, падает на последний слог: Шуйбекóв.

Если сравнивать с однокоренными, то встречаются фамилии Шуйбек, Шуйбекова, а также более редкие варианты вроде Шуйбеков-Шуйский (двойные фамилии у дворян). Но Шуйбеков — самая распространённая форма. Поиск по архивам показывает, что в дореволюционных метрических книгах фамилия встречается в Казанской и Оренбургской губерниях, что подтверждает её региональную привязку.