Фамилия Шуйтинов — редкий случай, когда географическая привязка почти очевидна, но точное происхождение упирается в неожиданный суффикс. Основа здесь — «Шуйт». Скорее всего, это вариант названия жителя города Шуя (Ивановская область) или выходца с реки Шуя (Карелия). В старину выходца оттуда назвали бы «шуянин» или «шуйский», но в основе фамилии лежит более просторечная, народная форма «шуйт» — по аналогии с «пермич» (житель Перми) или «вятка» (житель Вятки). Такие прозвища давали при переезде в другую местность: человека, прибывшего из Шуи, земляки могли прозвать Шуйтом.

Ключевая особенность — суффикс «-инов». В русских фамилиях он встречается реже, чем «-ов» или «-ин», и указывает на происхождение от основы, оканчивающейся на «-ит» или «-ич». Фамилия строится по модели: прозвище Шуйт → притяжательное прилагательное «Шуйтин» (чей? — сын Шуйта) → фамилия Шуйтинов. Двойной суффикс «-ин-ов» закрепился, чтобы избежать омонимии с фамилией Шуйтин или Шуйтов, а возможно, под влиянием документальной записи, где писарь добавил окончание по аналогии с типичными фамилиями на «-ов».

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с диалектным словом «шуйта» — так в некоторых говорах называли левшу (от древнерусского «шуйца» — левая рука). Тогда Шуйтинов — потомок левши, но эта гипотеза слабее: прозвище Левша встречалось повсеместно, а форма «шуйта» слишком редка, чтобы породить фамилию.

Географически фамилия тяготеет к северо-востоку европейской России — Вологодской, Костромской областям, откуда шли переселенцы в Зауралье. Встречается у старообрядцев, что косвенно подтверждает версию о прозвище по месту: Шуя была одним из центров староверия. Сословно носители — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию при переписях XVIII–XIX веков. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано.