Фамилия Шымыр — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает со звучанием, но сам корень ставит перед исследователем загадку. В русской ономастике фамилии с основой «шымыр» практически не встречаются; это не типичная славянская модель. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная к русской письменности.

Наиболее вероятная версия возводит Шымыр к тюркскому корню «шымыр» или близкому к нему «чымыр», что в ряде тюркских языков (например, в казахском, киргизском) означает «муравей». Прозвище Муравей мог получить человек трудолюбивый, хлопотливый, а может, и невысокий ростом, но деятельный — как и в русской традиции, прозвища по насекомым были нередки. Вторая, менее очевидная гипотеза связывает фамилию с диалектным словом «шымыр» в значении «крепкий, плотный, сбитый» — такое прозвище могло относиться к человеку коренастого телосложения. Спор между этими версиями не решается без знания конкретного региона бытования фамилии, но «муравьиная» линия выглядит убедительнее: прозвища по насекомым встречаются в тюркской антропонимии чаще, чем абстрактные качественные характеристики.

Фамилия образована по типичной для русского языка модели: основа Шымыр + нулевой суффикс (фамилия не имеет дополнительных формантов вроде -ов, -ев, -ин). Это указывает на то, что она закрепилась в русской среде относительно поздно, уже в XIX–XX веках, когда фамилии могли записывать без патронимических суффиксов, просто по прозвищу. Носители фамилии Шымыр — это, скорее всего, потомки тюркоязычных народов (татар, башкир, казахов), переселившихся в русские губернии или принявших православие, при котором фамилия писалась на слух, без перевода.

Географически фамилия Шымыр сегодня встречается разрозненно, без выраженного гнезда, что подтверждает её недавнее и миграционное происхождение. В дореволюционных метрических книгах она почти не фиксируется — это фамилия, которая «вышла из тени» в советское время, когда паспортизация закрепила все бытовавшие прозвища. Учитывая редкость, можно предположить, что все нынешние Шымыры — потомки одной или двух семей, разошедшихся по стране.