Фамилия Шындыков — редкая и неочевидная по происхождению. Её основа, корень «шындык», не встречается в древнерусских именах или распространённых прозвищах. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от тюркского или монгольского слова. В ряде тюркских языков «шын» означает «истина», «правда», а «шындык» — «истинность», «правдивость». Однако прозвище «Правдивый» в русской среде фиксируется редко, поэтому более вероятна другая версия.

В казахском и других тюркских языках есть слово «шындык» (или «шындық») со значением «действительность», «реальность». Но в качестве личного имени или прозвища оно почти не употреблялось. Гораздо чаще встречаются фамилии, образованные от географических названий. В Казахстане и в приграничных с ним регионах России (Оренбургская, Астраханская области) есть топонимы с корнем «шын» — например, урочище Шынды или река Шынды. Житель такой местности мог получить прозвище Шындык — «тот, кто с Шынды», а его потомки стали Шындыковыми.

Суффикс «-ов» в фамилии Шындыков указывает на русскую модель образования: он присоединялся к основе, обозначавшей отца или предка. То есть Шындыков — буквально «сын Шындыка». В XIX веке так могли записать в метрику или ревизскую сказку выходца из тюркской среды, принявшего православие или просто жившего среди русского населения.

Менее правдоподобная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным русским словом «шындык» — так в некоторых говорах называли плохую, мелкую рыбу или сорную траву. В этом случае прозвище Шындык мог получить рыбак или крестьянин, занимавшийся очисткой полей. Однако географическая привязка фамилии к южноуральским и степным регионам делает тюркское происхождение более убедительным.

Фамилия Шындыков — нечастая, её носители встречаются в основном в Челябинской, Оренбургской областях и в Башкортостане. Встречаются также варианты написания с одной «н» — Шыдыков, но это скорее результат упрощения при записи.