Фамилия Сиботин — редкая, но прозрачная по устройству. Её основа — слово «сибота», которое в русских говорах означало «сиплый, хриплый голос» или «сипотца». Человек с хрипотцой в голосе, с сиплым говором получал прозвище Сибота, а его потомки — фамилию Сиботин. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Сиботы). Это «вотчинная» форма, которая закрепилась в северных и центральных губерниях, где -ин было основным патронимическим суффиксом.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и вятским землям. В переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Сибота — например, в Соликамском уезде или на Вятке. Связь с ремеслом или должностью здесь маловероятна: скорее всего, прозвище дали по заметной речевой особенности. В ономастике это частый случай — фамилии от физических черт (Хрипунов, Шептунов, Гугнивый) переходили в разряд наследственных.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «сибеть» (сипеть, хрипеть), откуда и образовано то же прозвище. Соблазнительно связать фамилию с «сибиряк» или «Сибирь», но для этого нет фонетических оснований: корень «сиб-» в значении «сиплый» зафиксирован в словаре В. И. Даля, а сибирская тема требует суффикса -як или -ов.

Встречаются варианты написания: Сиботин и Сиботин (с ударением на второй слог). Первый случай — орфографическая норма, второй — возможная местная акцентная особенность. Фамилия не относится к дворянским, её носители — в основном крестьяне и мещане. Известных деятелей культуры или науки с такой фамилией нет, что неудивительно: она редкая и локальная.