Фамилия Сидыганов — редкий случай, когда основа, скорее всего, тюркская, а суффикс — исконно русский. Модель образования проста: к личному имени или прозвищу Сидыган добавили патронимический суффикс -ов, получив «сын Сидыгана». Вопрос в том, что скрывается за этим именем.

Наиболее вероятная версия отсылает к тюркскому корню «сидык» (моча) или глаголу «сидыу» (мочиться). Звучит неблагозвучно, но в тюркских языках такие имена-обереги были распространены: считалось, что «плохое» имя отпугнёт злых духов от ребёнка. Соответственно, имя Сидыган могло означать «мочевик» или «тот, кто мочится» — типичное охранительное прозвище. В русском языке оно превратилось в фамилию, утратив первоначальный бытовой смысл.

Вторая, менее популярная гипотеза, связывает основу с тюркским «сидык» в значении «верный, преданный» (от арабского «сидк» — правдивость). Однако фонетически это менее убедительно: форма «Сидыган» тяготеет именно к первой, «телесной» группе прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками шло смешение русского и тюркского населения. Носители фамилии — потомки крещёных татар, башкир или чувашей, которые получили фамилию по имени отца при переходе в православие или при переписях. Встречается вариант написания с «е» — Седыганов, что может указывать на «акающее» произношение или на другую основу (от имени Седыган, где «седой» — уже русская черта).

В словарях фамилия не зафиксирована как дворянская или старинная боярская. Скорее всего, это поздняя крестьянская или мещанская фамилия, оформившаяся в XVIII–XIX веках. Единственное, что можно утверждать с уверенностью: предок носителя этой фамилии носил тюркское имя Сидыган, и в русской среде оно стало родовым знаком.